Dei mest alvorlege risikoane må de som oppdrettarar ha ekstra god kontroll på. Næringsmiddelverksemdene kan sikre dette ved å innføre såkalla «kritiske kontrollpunkt» i eit HACCP-system, som er ein del av eit internkontrollsystem.
HACCP står for Hazard Analysis Critical Control Point (risikoanalyse og kritiske kontrollpunkt). Ved hjelp av HACCP blir risiko identifisert, handtert og eliminert i produksjonsprosessen på ein eigna måte.
Sjølv om det ikkje er noko krav om HACCP-system i primærproduksjonen, til dømes hos oppdrettaren, kan det vere fornuftig å innføre liknande system for å avdekke svikt i produksjonen. Om de brukar ei tidslinje eller eit flytskjema, som viser ulike faser i produksjonen, kan det vere ein eigna måte for å finne ut kor det er behov for kontrollpunkt. Eit døme kan vere risiko for at fisk inneheld legemiddelrestar. Eit oppdrettsanlegg skal ha kontroll på tilbakehaldstider etter medisinering av oppdrettsfisk for å sikre at fisken ikkje inneheld ulovlege restverdiar av legemiddel. Her kan de med fordel etablere kontrollrutinar som sikrar mot svikt, sjølv om de har etablert gode rutinar å unngå slaktefisk med legemiddelrestar. Eit siste kontrollpunkt kan de ha rett før fisk blir sendt til slakteriet.
Den blå ringen for kontroll, i figuren i 5.6, viser at de vil følgje aktivt med på risiko undervegs i produksjonen. Dersom kontrolltiltaka avdekker dårleg velferd med fare for alvorlege konsekvensar, vil dei barrierane som er etablerte for å hindre eller redusere konsekvensane, kunne bli utløyste. Til dømes kan det vere at lusebehandlinga må avsluttast og at andre tiltak blir sette i verk for å førebygge dødelegheit